Контрастные вещества применяются для искусственного контрастирования таких органов и тканей, которые при обычном исследовании не дают достаточной плотности или сигнала на изображениях, поэтому плохо дифференцируются от окружающих их органов и тканей.

При КТ неионогенные йодсодержащие вещества ковалентно связывают йод и имеют меньше побочных эффектов. Случаи аллергических реакций редкие, но встречаются чаще, чем на МРТ.

Риск аллергической реакции на контраст увеличивает развитие невропатии (особенно при почечной недостаточности (клиренс креатинина < 60), диабете, поражениях щитовидной железы и обезвоживании). При проведении КТ в период грудного вскармливания в течение двух суток после процедуры необходимо сцеживать и выливать молоко.

При МРТ используются гадолиний-содержащие препараты, аллергические реакции при их использовании наблюдается очень редко. Эти препараты также не применяются у пациентов с почечной недостаточностью (клиренс креатинина < 30), а также у новорожденных детей (до 4 недель) и в послеоперационном периоде после пересадки печени.